La construction du barrage a profondément modifié le fonctionnement de la Vilaine dans son cours aval, et avec le temps les usages se sont multipliés : évacuation des crues, production d’eau potable, navigation, agriculture, gestion environnementale des marais...

Le barrage est devenu la « clé de voûte » d’un système complexe où les différents usages de l’eau imposent une approche globale et intégrée de sa gestion.

Si en période normale (printemps, automne), les usages peuvent être satisfaits sans difficultés particulières, il n’en est pas de même pendant les crues du fleuve ou lors des étiages (périodes de faible débit), où les conflit ne sont pas rares.

En période de crue de la Vilaine, l’objectif d’évacuer les débits demeure prioritaire et passe devant tous les autres usages. Cet impératif peut gêner la navigation, voire entraîner son interdiction lors des grandes crues.

En période d’étiage, c’est l’objectif d’alimentation en eau potable qui devient prioritaire. L’intrusion d’eau de mer dans le plan d’eau, du fait des éclusages, peut entraîner des élévations de salinité incompatibles avec la production d’eau potable. Malgré l’existence d’un dispositif de siphonnage des eaux salées, efficace mais très consommateur d’eau douce, en cas d’étiages sévères des restrictions d’éclusages peuvent être décidées, pénalisantes pour la navigation .